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隨著科技的發展，殺菌手段和方法日益多樣化，并向著安全、高效、節能、環保等方向發展。傳統的殺菌方法是熱力殺菌，由于食品的傳熱性能一般較差，食品的物料中心達到殺菌溫度所需時間較長，致使食品營養價值降低，另外，由于加熱裝置本身的熱容量引起能量吸收導致能耗高，同時高溫易使食品出現“蒸煮味”“罐頭味”，在一定程度上限制了消費者對高溫食品的選擇。
相比下來，微波殺菌溫度僅需65~85℃，殺菌時長5-10分鐘，整個過程完全不損害物料的營養成分，廣泛應用于調味品、真空包裝食品、調味醬等的滅菌，同時也可用于農產品以及化工產品的殺菌消毒處理。
微波具有熱效應和非熱效應雙重殺菌的作用。微波熱效應殺菌機理是指：生物細胞是由水、蛋白質、核酸，碳水化合物，脂肪和列機物等復雜化合物構成的一種凝聚態介質。該介質在強微波場的作用下，溫度升高。其空間結構發生變化或破壞，蛋白質變性，影響其溶解度、粘度、膨脹性、穩定性，從而失去生物活性。
常規熱力殺菌是通過熱傳導、對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部，往往需要較長的時間，內部才能達到殺菌溫度。微波則利用其穿透射作用，以熱效應和非熱效應的共同作用，使物品內外均勻的、迅速升溫殺滅細菌。處理時間大大縮短，在強功率密度強度下，甚至只要幾秒～數十秒即達到滿意效果。
微波熱效應的快速升溫和非熱效應的生化作用，增強了殺菌功能。微波特有加工方式能保留更多的有效成分。保持原有的色、香、味、形等風味。如采用常規熱力處理蔬菜保留的維生素C在46~50%，微波處理能達到60~90%；常規加熱豬肝維生素A保持在58%，而微波加熱則達84%。
微波熱效率高，一般在80%以上，遠遠優于其它加熱方式。加之，微波是直接對食品（物體）進行磁熱能量轉換，微波加熱器本身不會被加熱，因而不存在額外的熱功耗，所以節能省電，相比節能30～50%。
常規熱力殺菌是從物料表面開始的，通過熱傳導，由表及里漸次加熱，內外存在溫差梯度，造成內外殺菌效果不一致，愈厚問題就愈突出。為保持食品風味，縮短處理時間，就得提高處理溫度換取處理時間的縮短，然而這將使食品表面的色、香、味、形等品質下降。而微波的穿透性，使表面與內部同時受熱，保證內外均勻殺菌。
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