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ARM工控主板在操作系統的選擇上并不是所有的操作系統都時候，ARM工控主板在操作系統的使用中最常用的就是Linux和Windows CE。下面，深圳澤創偉業就針對這兩種操作系統進行詳細的介紹，有興趣的朋友可以深入了解。
Linux：Linux是一種免費、開源的操作系統，因此其支持軟件多，可用資源豐富。目前將Linux的內核移植在其上，可使用更多的Linux功能。無論是對于企業服務器還是對于嵌入式系統，Linux 2.6 都是一個巨大的進步。對高端的機器來說，新特性針對的是性能改進、可擴展性、吞吐率，以及對 SMP 機器 NUMA 的支持。對于嵌入式領域，添加了新的體系結構和處理器類型--包括對那些沒有硬件控制的內存管理方案的 MMU-less 系統的支持。并且，和往常一樣，為了滿足桌面用戶群的需要，添加了一整套新的音頻和多媒體驅動程序，Linux 內核使用了由 Ingo Molnar 開發的新的調度器算法，稱為O（1）算法，它在高負載的情況下執行得極其出色，并且當有很多處理器時也可以很好地擴展；內核搶占補丁在2.5系列中就已經被打上，接下來在2.6中也會打。這將顯著地降低用戶交互式應用程序、多媒體應用程序等類似應用程序的延遲。這一特性對實時系統和嵌入式系統來說特別有用；從虛擬內存的角度來看，新內核融合了Rik van Riel的r-map（反向映射，reverse mapping）技術，將顯著改善虛擬內存在一定程度負載下的性能；更多功能還需您在后續的工作中切身體會。
Windows CE：WinCE推出只有幾年時間，但目前已占據了很大市場份額。由于WinCE開發都是大家熟悉的VC++環境，所以對于一般的開發人員都不會有多大難度，這也是WinCE容易被人們接受的原因。開發環境方便快速，微軟的強大技術支持，使得WinCE開發難度遠低于嵌入式Linux。此外，WinCE與WindowXP及Win2000的同族性，保證了原來在PC機上開發的程序可容易移植到嵌入式系統中。
從上述介紹可以知道Linux和Windows CE這兩種較為適合ARM工控主板的各種性能，能夠與ARM工控主板契合運行。
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