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本廣泛分布的個體則會發現其實與日本柳杉并無明顯分別，而且也缺乏有力的證據指出在中國有野生的群落。日本柳杉及日本扁柏（Chamaecyparis obtusa）的花粉均是造成日本當地花粉癥流行的主要原因。 日本柳杉廣泛種植於廟宇及神社內，而且有為數甚多的參天巨木。日本森林植物志作者Sargent紀錄了一名貧窮的大名因無力在日光東照宮德川家康的葬禮上作出捐獻，因此而種植一片日本柳杉林作為替代而被接納。直到目前為止，這片占地65平方公里的廣闊樹林仍然存在，并被認為是日本國內1華麗的一片林區。 日本柳杉在日本及中國是一種廣泛應用的植林樹種。除此以外，日本柳杉在其他溫帶地區也被栽培做為觀賞樹木使用，包括英國、歐洲、北美及喜馬拉雅以東地區的尼泊爾及印度等地也多有種植。其中一種栽培種密枝柳杉（'Elegans'）因其永遠保持矮小的灌木狀而備受歡迎，1高也不過是5至10米。 日本柳杉的木材擁有清香的氣味、紅棕的顏色及輕而強狀的特性，而且有一定的防水能力及能抵抗腐壞。因此，在日本式的建筑及室內設計等均有廣泛應用。 日本柳杉也是部分蛾類幼蟲的寄主食物，如蝙蝠蛾屬（Endoclita）中的物種。