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商貿企業新認定一般納稅人都是輔導期一般納稅人，期限為半年。期滿后符合條件的經企業申請轉為正式一般納稅人。
輔導期一般納稅人實行“先比對，后抵扣”，即當月認證的增值稅進項fa票當月不能抵扣，要通過防偽稅控系統將認證信息上傳至國家稅務總局進行比對，比對無誤的信息由國家稅務總局下發，然后納稅人收到主管稅務機關提供的比對無誤的信息結果后方可抵扣（一般在認證的下月可以收到比對結果）。
以下處理方法僅供參考:
一、帳務處理：在應交稅金科目下設“待抵扣進項稅額”二級科目。進項稅額部分的處理為認證的當月：借：應交稅金-待抵扣進項稅額 貸：銀行存款；次月稅務總局比對結果下發后，比對無誤進項fa票可以抵扣，抵扣時：借：應交稅金-應交增值稅（進項稅額）貸：應交稅金-待抵扣進項稅額 。
二、申報表的填制（附表二）填寫：對于等待比對結果的進行稅額部分,計入“待抵扣進項稅額”，并在增值稅申報表附表二第24欄“本期認證相符但未申報抵扣”內填寫此行內容；
收到允許抵扣的比對結果后，在增值稅申報表附表二第3欄“前期認證相符且本期申報抵扣”內填寫此內容；
23行“期初已認證相符但未申報抵扣”欄填寫上月25行“期末已認證相符但未申報抵扣”欄數額；
相關行次的關系23行+24行-25行=3行。
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