我國是農藥生產大國，農藥生產過程中產生的廢水主要來自合成反應工藝廢水、產品精致洗滌水、設備和車間地面沖洗水等，尤其有機磷農藥廢水行業導致環境污染加重的主要行業之一。有機磷農藥生產中廢水量大，其廢水總磷含量和鹽份含量高。
有機磷農藥生產過程中排出的廢水不但量大，而且性質特殊，COD 含量極高，可達數萬mg /L，主要是難生物降解的有機物，且有機磷對微生物的生長具有很強的抑制作用，有毒有害物質濃度高、毒性大、組分復雜。
由于有機磷農藥廢水的水質特點復雜，排放前必須進行有效處理。目前有機磷農藥廢水的可處理方法有水解法、化學法、生化法、吸附法等等。
1.水解法
水解法可在酸性條件下，也可在堿性條件下進行。有機磷農藥多數能在堿性條件下迅速水解。因此，有機磷農藥生產中縮合、加工和包裝車間廢水應在堿性條件下存放一定時間，使農藥本體水解為中間體后，再送入生化處理，以提高生化處理效果。
2. 化學法
有機磷農藥廢水可通過精準調控反應技術，經SPT-IE特種磷處理設備去除。該特種磷處理設備是專門針對含有機磷廢水、農藥廢水等難處理廢水研發的新型一體化設備，具有運行成本低、除磷效率高的特點。
3.濕式氧化法
濕式氧化法是在一定溫度和壓力下，向廢水中通入空氣或氧氣，使污染物氧化的方法。氧化所需的溫度由污染物的化學性質決定，壓力的確定基于使廢水保持液相并溶有足夠濃度的氧氣。
4.吸附法
有機磷吸附效果更好，也可經堿解后再用活性炭，活性炭可用蒸汽再生。廢水中的磷酸三丁酯可用飛灰及粘土作吸附劑去除，但在酸性介質中加硝酸可提高去除率，聚乙烯用醇或酮處理后可用來吸附水中微量的有機磷化合物。
5.生化法
生化處理是將均化后的廢水與含有馴化的耐有機磷的細菌的活性污泥混合，并進行曝氣，曝氣后進入沉淀池，經沉淀池處理后再進行二次曝氣，曝氣生化處理可使BOD下降至 13mg／L，有機磷中的磷可作為生物營養物質被回收利用，生化處理法應用廣泛，效果較好。